医科学研究所研究発表会、東大医科研、２００８年５月
薬剤応答パスウェイを予測し，バイオマーカーの発見を目指した統計解析手法の開発
島村徹平、山口類、長崎正朗、植野和子、広瀬修、斉藤あゆむ、畑中洋亮、藤田アンドレ、井元清哉、吉田亮、樋口知之、山内麻衣、後藤典子、河野隆志、横田淳、宮野悟 日本語 ポスター
International Conference on Systems Biology、Sweden、２００８年８月
Exploring biological processes with pathway simulations by a data assimilation approach,
R. Yamaguchi, R. Yoshida, M. Nagasaki, S. Imoto, T. Shimamura, M. Yamauchi, T. Higuchi, N. Gotoh, S. Miyano, 英語 口頭（招待講演）
東京大学生命科学研究ネットワークシンポジウム2008、２００８年９月
生命体パスウェイシミュレーションモデルのためのデータ手法およびソフトウェアの開発、
山口類、長崎正朗、吉田亮、井元清哉、山内麻衣、斉藤あゆむ、中村和幸、島村徹平、
鄭恩娥、李晨、
植野和子、池田恵美、関谷弥生、小島要、玉田嘉紀、藤田アンドレ、樋口知之、後藤典子、宮野悟、
日本語、ポスター
2008年度統計関連学会連合大会、神戸大学、２００８年９月
パスウェイシミュレーションを用いたデータ同化による生体内プロセスの予測
山口類、吉田亮、長崎正朗、井元清哉、島村徹平、山内麻衣、後藤典子、樋口知之、宮野悟 日本語 口頭
統計数理研究所公開講座（データ同化論：状態空間モデルとシミュレーション）、２００８年１０月
生命体シミュレーションにおけるデータ同化
山口類 日本語 口頭（講師）
第291回CBI学会研究講演会、日本化学会 化学会館、２００８年１１月
生体内プロセスの予測へ向けたパスウェイシミュレーションのデータ同化
山口 類 日本語 口頭（招待講演）
The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008)、Australia、２００８年１２月
Predicting differences in gene regulatory systems by state space models,
R. Yamaguchi, S. Imoto, M. Yamauchi, M. Nagasaki, R. Yoshida, T. Shimamura, Y. Hatanaka, K. Ueno, T. Higuchi, N. Gotoh, and S. Miyano, 英語 口頭
(GIW2008: Refereed conference. The number of accepted papers is 18 out of 55 submissions.
This paper was awarded as "Finalist: Best Paper Award" at the conference.)
医科学研究所研究発表会、東大医科研、２００７年５月
データ同化手法によるパスウェイシミュレーションと観測データの融合
山口類、長崎正朗、吉田亮、井元清哉、田崎真哉、尾山大明、秦裕子、土井淳、玉田嘉紀、植野和子、松野浩嗣、樋口知之、菅野純夫、宮野悟、日本語 ポスター
International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, アトランタ、２００７年５月
Statistical Absolute evaluation of gene ontology terms with gene expression data",
Gupta, P.K. R. Yoshida, S. Imoto, R. Yamaguchi, S. Miyano, 英語 口頭
The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 東大医科研 ２００７年７月
Identification of Activated Transcription Factors from Microarray GeneExpression Data of Kampo-Medicine Treated Mice.
R. Yamaguchi, M. Yamamoto, S. Imoto, M. Nagasaki, R. Yoshida, K. Tsuiji, A. Ishige, H. Asou, K. Watanabe, and S. Miyano, 英語 口頭
バイオインフォマティクス夏の学校2007、 群馬、２００７年８月
生体パスウェイシミュレーションのデータ同化
山口類 （講師）
2007 IEEE Statsitical Signal Processing Workshop, ウィスコンシン、２００７年８月
Module-Based Gene Network Construction with State-Space Models,
Yamaguch, R., R. Yoshida, S. Imoto, O. Hirose, T. Higuchi, and S. Miyano
(Invited Poster)
第4回人工知能学会データマイニングと統計数理研究会(SIG-DMSM)、旭川、２００７年９月、
L1正則化法に基づくグラフィカルガウシアンモデリングについて
島村徹平、井元清哉、山口類、宮野悟、日本語 口頭
2007年度統計関連学会連合大会、神戸大学、２００７年９月、
ゲノムデータ同化による生体内パスウェイシミュレーションモデルの展開
山口類、 吉田亮、 長崎正朗、 井元清哉、 宮野悟、 樋口知之、日本語 口頭
• 2007年度統計関連学会連合大会、神戸大学、２００７年９月、
状態空間モデルにもとづく遺伝子ネットワークの統計的推測
広瀬修、 吉田亮、 山口類、 井元清哉、 樋口知之、 宮野悟、日本語 口頭
九州大学産業技術数理研究センターワークショップ、九州大学、２００７年９月、
統計モデルを用いた遺伝子ネットワーク推定の諸手法と実際
山口類 日本語 口頭
DMHF2007: COE Conference on the Development of Dynamic Mathematicswith High Functionality, 九州大学、２００７年１０月、
Combining genomic data with pathway simulations via a data assimilation approach
Yamaguchi, R., 英語 口頭
The 1st Joint Meeting between Institute of Statistical Science, Academia Sinica and the Institute of Statistical Mathematics, 統計数理研究所、２００７年１１月、
Detecting Activated Transcription Factors from Gene Expression Data of Mice Treated with Kampo Medicine by Statistical Absolute Evaluation Method.
Yamaguchi, R., M. Yamamoto, S. Imoto, M. Nagasaki, R. Yoshida, K. Tsuiji, A. Ishige, H. Asou, K. Watanabe, S. Miyano、英語 ポスター
" 第11回日本バイオインフォマティクス学会システムバイオロジー研究会, 理化学研究所、２００６年６月,データ同化手法のパスウェイシミュレーションモデルへの適用長崎正朗、山口類*、吉田亮、井元清哉、土井淳、玉田嘉紀、松野浩嗣、宮野悟、樋口知之、日本語 口頭
" The Sixth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2006) , Boston University, ２００６年７月,Genomic Data Assimilation for Estimating Hybrid Functional Petri Net from Time-course Gene Expression Data, M. Nagasaki, R. Yamaguchi*, R. Yoshida, S. Imoto, A. Doi, Y. Tamada, H. Matsuno, S. Miyano, T. Higuchi, 英語 口頭
" 2006年度 統計関連学会連合大会, 東北大学, ２００６年９月ベイジアンネットによる確率推論の回遊行動マーケティングへの応用 山口類、斎藤参郎、中嶋貴昭、日本語 口頭
" 2006年度 統計関連学会連合大会, 東北大学, ２００６年９月ゲノムデータ同化によるパスウェイシミュレーションモデルの自動構築山口類、長崎正朗、吉田亮、井元清哉、土井淳、玉田嘉紀、松野浩嗣、宮野悟、樋口知之、日本語 口頭
" ゲノム情報同化研究会「バイオインフォマティクス分野におけるデータ同化技術の開拓」, 宮崎, ２００６年９月Hybrid Functional Petri Net による概日リズムモデルと遺伝子発現時系列データのデータ同化、山口類、日本語、口頭
" インフォマティクス研究者と医学研究者の交流会, 東大柏キャンパス, ２００６年１１月状態空間モデルを用いた遺伝子発現時系列データからの転写モジュールネットワークの推定山口類、日本語、口頭
"Tsukuba-Tohoku Joint Workshop on New Directions of Research in Marketing", 筑波大学, ２００６年１２月, Analyzing shop-around behavior in a city center via Bayesian network models,R. Yamaguchi, S. Saito, and T. Nakashima, 英語, 口頭
"The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006)", パシフィコ横浜, ２００６年１２月, Genomic Data Assimilation for a Hybrid Functional Petri Net Model of Circadian Rhythm with Time Course Gene Expression Data, M. Nagasaki, R. Yamaguchi*, R. Yoshida, S. Imoto, A. Doi, Y. Tamada, H. Matsuno, S. Miyano, T. Higuchi, 英語, ポスター
"2006年JST/CREST-NICT合同シュミレーション研究会", 統計数理研究所, ２００６年１２月, 生体パスウェイシミュレーションへのデータ同化手法の適用, 山口類*, 長崎正朗, 吉田亮, 井元清哉, 土井淳, 玉田嘉紀, 松野浩嗣, 宮野悟, 樋口知之,日本語, 口頭
"The Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2007", ２００７年１月, ハワイ, Assimilating Genomic Data with a Hybrid Functional Petri Net via Generalized State Space Model, M. Nagasaki, R. Yamaguchi, R. Yoshida, S. Imoto, A. Doi, Y. Tamada, H. Matsuno, S. Miyano, T. Higuchi*, 英語, ポスター
"パーティクルフィルタ研究会（九州工業大学工学研究科研究プロジェクト） & ヒューマンインターフェース研究部会（日本知能情報ファジィ学会）合同研究会", ２００７年１月, 九州工業大学, 生体パスウェイと遺伝子発現データのデータ同化, 山口類, 日本語, 口頭 （招待講演）
" 2005 International Workshop on Data Mining and Bioinformatics, シンガポール, ２００５年５月, Estimating gene networks with cDNA microarray data using state-space models, Yamaguchi, R., S. Yamashita, and T. Higuchi, 英語 口頭
" マーケティング・サイエンス学会ベイズ統計のマーケティングへの応用研究部会、筑波大学、２００５年７月ベイジアンネットによる商業地内消費者購買行動と立ち寄り先店舗の特徴抽出、山口類、斎藤参郎、 日本語 口頭
" The 19th Pacific Regional Science Conference (PRSCO19), 日本大学, ２００５年７月Analysis of shop-to-shop transition behaviors of consumers using Bayesian networks,Yamaguchi, R., and S. Saito, 英語 口頭
" 2005 Joint Statistical Meeting, ミネアポリス, ２００５年８月Performance comparison of state space and RBF-based models for daily sales of small restaurants,Yamaguchi, R., and T. Higuchi, 英語 口頭
" 人工知能学会 第60回 人工知能基本問題研究会 (SIG-FPAI) ：ベイジアンネットセミナー (BN2005)、長岡技術科学大学、2005年８月ベイジアンネットを用いた都心買物回遊行動データからの情報抽出、山口類、斎藤参郎、 日本語 口頭
" 2005年度統計関連学会合同大会、広島、２００５年９月状態空間モデルによるイースト菌遺伝子発現量時系列データの解析、山口類、樋口知之、日本語、口頭
" 2005年度統計関連学会合同大会、広島、２００５年９月動的・静的モデルによる飲食店日次売上予測の性能比較山口類、樋口知之、日本語、口頭
" 第42回 日本地域学会年次大会、鳥取大学、２００５年１０月ベイジアンネットによる店舗間買い回り行動データの解析山口類、斎藤参郎、 日本語、 口頭
" 第16回日本成長学会、福岡ソフトリサーチセンタービル、２００５年１１月状態空間モデルの生体データへの適用について-乳幼児の体重の解析-山口類、小林正子、向井田紀子、日本語、口頭
" 第16回日本成長学会、福岡ソフトリサーチセンタービル、２００５年１１月出生から4歳までの体重発育における日内変動・週内変動・自己回帰過程等のリズム形成に関する検討小林正子、山口類、向井田紀子、日本語、口頭
" 日本マーケティング・サイエンス学会 第78回研究大会、法政大学、２００５年１２月回遊行動ベイジアンネットによる多店舗顧客行動特性の確率推論山口類、斎藤参郎、日本語、口頭
" The 16th International Conference on Genome Informatics (GIW2005)、パシフィコ横浜、２００５年１２月Comparative Study of State Space Models for Time-Course Gene Expression Data of Yeast,Yamaguchi, R., and T. Higuchi, 英語 ポスター
" 第3回情報処理学会バイオ情報学研究会、バイオインフォマティクス学会生物情報ネットワーク研究会、東京大学医科学研究所、２００５年１２月State space model approach to analyse cDNA microarray time course data of yeast山口類、樋口知之、日本語、口頭
" The Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2006) 、ハワイ、２００６年１月Biological Information Fusion for Estimating Gene Networks Via Bayesian Modeling and ComputationHiguchi, T., S. Imoto, R. Yamaguchi, R. Yoshida, and S. Miyano, 英語、ポスター
" The Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2006) 、ハワイ、２００６年１月State Space Models for Analyzing Time-Course DNA Microarray Gene Expression DataYamaguchi, R. and T. Higuchi, 英語、ポスター
" 九州大学 21 世紀 COE 統計科学セミナー、２００６年３月状態空間モデルによる超多次元短時系列マイクロアレイデータの解析手法と転写モジュールネットワークの推定山口類、吉田亮、井元清哉、樋口知之、宮野悟、日本語、口頭
" 第20回ファジィシステムシンポジウム、北九州（北九州学術研究都市）、２００４年６月状態空間モデルによる飲食店日次売上時系列の要因分解 山口類、土屋映子、樋口知之、日本語 口頭
" Marketing Science Conference 2004, ロッテルダム、２００４年６月State space modeling approach for decomposition of daily sales of a restaurant into multi factors, Yamaguchi, R., E. Tsuchiya , T. Higuchi, 英語 口頭
" Ｘ（第10回） International Congress of Auxology, フィレンツェ、２００４年７月Diurnal and Weekly Variations and Autoregressive Process of Bodyweight in Two Babies during the First 24 Months,Masako Kobayashi, Noriko MUKAIDA, and Rui Yamaguchi, 英語 ポスター
" 第15回 AUXOLOGY （成長学）研究会 仙台、２００４年11月生後24カ月までの体重発育における日内変動・週内変動・自己回帰過程等のリズム形成に関する検討小林正子、向井田紀子、山口類、日本語 口頭
" AGU Fall Meeting 2004, サンフランシスコ、２００４年１２月Geosynchronous Response to Fast Plasma Flows in the Plasmasheet: Geotail-GOES Coordinated Observations,Yamaguchi, R., Ohtani, S., and Mukai, T. 英語 口頭
" 地球惑星科学関連学会2003年合同大会, ２００３年５月２９日 千葉Tailward flows in the near-Earth plasma sheet around substorms山口類、河野英昭、大谷晋一、湯元清文、Kan Liou、Ching Meng向井利典、斎藤義文、 早川基、環太平洋地磁気観測グループ、日本語 口頭
" 地球惑星科学関連学会2003年合同大会, ２００３年５月２９日 千葉小規模サブストームに伴うPi2型地磁気脈動の伝播機構関悠子、山口類、魚住禎司、河野英昭、吉川顕正*、大谷晋一、糸永雅弘、湯元清文、環太平洋地磁気観測グループ、日本語 口頭
" IUGG2003 ２００３年７月１１日 札幌Tailward perpendicular flows in the near-Earth plasma sheet around substormsYamaguchi, R., H. Kawano, S. -I. Ohtani, K. Yumoto, K. Liou, C. -I. Meng, T. Mukai, Y. Saito, H. Hayakawa, and The CPMN Group, 英語 ポスター
" IUGG2003 ２００３年７月１１日 札幌Are Pi 2 magnetic pulsations a good indicator of substorm onsets?,Yumoto*, K., T. Uozumi, R. Yamaguchi, H. Kawano, K. Liou, and, C.-I. Meng、英語 ポスター
" IUGG2003 ２００３年７月１１日 札幌Propagation structure of Pi2 pulsations during small bays,Y. Seki, R. Yamaguchi, T. Uozumi, H. Kawano, A. Yoshikawa, S. Ohtani, M. Itonaga, K. Yumoto*, and the CPMN Group、英語 ポスター
" ２００３年度 統計関連学会連合大会 ２００３年９月４日, 名古屋、（名城大学）状態空間モデルによる飲食店売上げ予測山口類、土屋映子、樋口知之、日本語 口頭
" 九州大学 統計科学セミナー ２００３年１１月１４日, 福岡、（九州大学）状態空間モデルによる飲食店売上げ予測山口類 、土屋映子、樋口知之、日本語 口頭
" 2003 AGU Fall meeting ２００３年１２月８－１２日, San FranciscoNear-Earth Reconnection Confined in the Plasmasheet during the Substorm Growth Phase: A Study of the November 24, 1996, Event, G. Ueno, S. Ohtani*, R. Yamaguchi, F. Creutzberg, H. Singer, T. Mukai, and K. Yumoto、英語 口頭
" Science of Modeling -The 30th Anniversary of the Information Criterion (AIC), ２００３年１２月１４－１７日、横浜 （パシフィコ横浜）Exploitation of prior information and knowledge discovery: Decomposition of daily sales of a restaurant for micromarketingR. Yamaguchi, E. Tsuchiya , T. Higuchi*, 英語 口頭
" Science of Modeling -The 30th Anniversary of the Information Criterion (AIC), ２００３年１２月１４－１７日、横浜 （パシフィコ横浜)Prediction of daily sales of a restaurant based on the state space modelingR. Yamaguchi*, E. Tsuchiya, T. Higuchi, 英語 ポスター
" 第2回21世紀COE機能数理学セミナー、２００３年１２月１９日、福岡 （九州大学）状態空間モデルによる予測とその応用山口類、日本語 口頭
" マーケティング・サイエンス学会マーケティング・エンジニアリング研究部会、２００４年１月１６日、大阪（大阪大学経済学部）、状態空間モデルを用いた飲食店売上の要因分解、 山口類, 土屋映子, 樋口知之、日本語 口頭
" 研究集会「最適化：モデリングとアルゴリズム」 ２００４年３月１６日 東京（統計数理研究所）、状態空間モデルによる飲食店日次売上の要因分解 山口類, 土屋映子, 樋口知之、日本語 口頭
" 地球惑星科学関連学会2002年合同大会 ２００２年６月1日 東京Tailward flows in the near-Earth plasma sheet during substorms山口類、河野英昭、大谷晋一、湯元清文、Kan Liou、Ching Meng、向井利典、 斎藤義文、 早川基、環太平洋地磁気観測グループ、日本語 口頭
" The COSPAR colloquium, "Frontiers of Magnetospheric Plasma Physics" International workshop celebrating 10 years of GEOTAIL observations, ２００２年７月２５日 神奈川Tailward Perpendicular Flows in the Near-Earth Plasma Sheet During SubstormsYamaguchi, R., H. Kawano, S. -I. Ohtani, K. Yumoto, K. Liou, C. -I. Meng, T. Mukai, Y. Saito, H. Hayakawa, and The CPMN Group, 英語 ポスター
" 地球惑星科学関連学会2001年合同大会 ２００１年６月８日 東京Relationship between substorm magnitude and Pi2 features山口類、河野英昭、大谷晋一、湯元清文、環太平洋地磁気観測ネットワークグループ, 日本語 口頭
" IAGA/IASMEI Scientific Assembly meeting, ２００１年８月２７日 HanoiTHE TIMING RELATIONSHIP BETWEEN BURSTY BULK FLOWS AND PI2S AT THE GEOSYNCHRONOUS ORBITR. YAMAGUCHI, H. Kawano, S. Ohtani, T. Higuchi, K. Yumoto, T. Mukai, Y. Saito, and The Circum-pan Pacific Magnetometer Network Group, 英語 口頭
" 地球電磁気・地球惑星圏学会 ２００１年１１月２２日 福岡The relationship between Pi2 frequency and magnetic activity (substorm intensity, Kp) by using multi-point ground stationsRui Yamaguchi, Hideaki Kawano, Kiyohumi Yumoto, and The Circum-pan Pacific Magnetometer Network group, 日本語 口頭
" 2001 AGU fall meeting, ２００１年１２月1０－１４日San FranciscoEnergy Storage and Release in the Magnetotail as a Function of the Position and the Substorm MagnitudeR. Yamaguchi, H. Kawano, S. Ohtani, K. Yumoto, S. Kokubun, and The CPMN Group, 英語 ポスター
" 地球惑星科学関連学会2000年合同大会 ２０００年６月２８日 東京Near-tail region as a major reservoir of substorm energy山口類、河野英昭、大谷晋一、湯元清文、國分征、向井利典、環太平洋地磁気観測ネットワークグループ、日本語 口頭
" The First S-RAMP Conference ２０００年１０月４日 札幌Relationship between substorm magnitude and substorm energy storage-release processesR. Yamaguchi, H. Kawano, S. Ohtani, K. Yumoto, S. Kokubun, T. Mukai, and the CPMN group, 英語 ポスター
" The First S-RAMP Conference ２０００年１０月４日 札幌Relationship between low-latitude Pi 2 pulsations and magnetospheric substorm onset K. Yumoto, R. Yamaguchi, H. Kawano, and the CPMN group, 英語 ポスター
" The First S-RAMP Conference ２０００年１０月６日 札幌Magnetosphere-ionosphere coupling effects during substorms in the polar magnetosphereH. Kawano, G. Le, C. T. Russell, J. Raeder, G. Rostoker, R. Yamaguchi, K. Yumoto,and the CPMN group, 英語 口頭
" 第１０８回 地球電磁気・地球惑星圏学会 ２０００年１１月２３日 東京Bursty Bulk Flow と静止軌道におけるPi2脈動の時間関係山口類、河野英昭、大谷晋一、樋口知之、湯元 清文、向井 利典、齋藤 義文、環太平洋地磁気観測ネットワークグループ, 日本語 口頭
" 第１０８回 地球電磁気・地球惑星圏学会 ２０００年１１月２３日 東京Relationship between Pi 2 pulsations and multiple-onset substorms湯元清文、山口類、河野英昭、環太平洋地磁気観測ネットワークグループ, 日本語 口頭
" 平成１２年度通信総合研究所研究会「比較サブストーム研究」２００１年２月８日 東京Bursty Bulk Flow と静止軌道におけるPi2脈動の時間相関山口類、河野英昭、大谷晋一、樋口知之、湯元清文、向井利典、齋藤義文、環太平洋地磁気観測ネットワークグループ, 日本語 口頭
" 地球惑星科学関連学会1999年合同大会 1999年 ６月８日 東京磁気圏尾部エネルギー蓄積・解放過程の空間依存性とサブストーム強度との関係山口類、河野英昭 、大谷晋一、湯元清文、國分征、向井利典、環太平洋地磁気観測グループ、日本語 口頭
" 第106回地球電磁気・地球惑星圏学会 1999年11月12日 仙台磁気圏尾部エネルギー蓄積・解放過程の空間依存性及びサブストーム強度依存性 山口類、河野英昭、大谷晋一、湯元清文、國分征、向井利典、 環太平洋地磁気観測グループ、日本語 口頭
" GEOTAIL SWG/Workshop ２０００年３月６日 宇宙科学研究所 Substorm Energetics in the Magnetotail: Position and Substorm Intensity DependenceR. Yamaguchi, H. Kawano, S. Ohtani, K. Yumoto, S. Kokubun, T. Mukai, and the Circum-pan Pacific Magnetometer Network Group、英語 ポスター