日本語の論文・解説記事など
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[1] 井元清哉，小西貞則 (1999) 情報量規準に基づくＢ−スプライン非線形回帰モデルの推定，応用統計学会，28，137-150．
[2] 井元清哉，小西貞則 (1999) Ｂ−スプラインによる非線形回帰モデルと情報量規準，統計数理，47，359-373．
[3] 安道知寛，井元清哉，小西貞則 (2001) 動径基底関数ネットワークに基づく非線形回帰モデルとその推定，応用統計学，30，19-35．
[4] 井元清哉 (2003) マイクロアレイデータ解析における統計的方法論の開発，計量生物学会シンポジュウム予稿集．
[5] 井元清哉 (2006) マイクロアレイデータからの遺伝子間因果に関する知識発見，統計学会75周年記念シンポジュウム予稿集，81-91．
[6] 井元清哉 (2006) 発現プロファイル解析−ネットワーク構築，(久原哲 (編) DNAチップ活用テクノロジーと応用)，シーエムシー出版．
[7] 井元清哉 (2006) 回帰分析，(日本バイオインフォマティクス学会 (編) バイオインフォマティクス事典，統計科学分野)，22-24．
[8] 井元清哉 (2006) ベイジアンネットワーク，(日本バイオインフォマティクス学会 (編) バイオインフォマティクス事典，統計科学分野)，47-49．
[9] 井元清哉 (2006) ベイジアンネットワーク，(日本バイオインフォマティクス学会 (編) バイオインフォマティクス事典，生命システム解析分野)，690-692．
[10] 玉田嘉紀，井元清哉，宮野悟 (2006) 異種ゲノムデータの統合による遺伝子ネットワーク推定手法，統計数理，54，333-356．
[11] 鷲尾隆，樋口知之，井元清哉，玉田嘉紀，佐藤健，元田浩 (2006) グラフマイニングとその統計的モデリングへの応用，54，315-331．
[12] 井元清哉 (2007) 非線形回帰，(杉山高一他 (編) 統計・データ科学活用事典)．
[13] 井元清哉 (2007) マイクロアレイ遺伝子発現データからの遺伝子間因果に関する知識発見，日本統計学会誌，37(1), 55-70．
[14] 井元清哉 (2007) ベイジアンネットワークによる遺伝子ネットワークの推定，オペレーション・リサーチ誌，52(4), 221-224．
[15] 井元清哉 (2007) ベイズモデルによる遺伝子制御ネットワークの推定，(赤池弘次先生京都賞受賞記念出版，樋口知之編，「統計数理は隠された未来をあらわにする−ベイジアンモデリングによる実世界イノベーション−」)，東京電機大学出版会，85-117．
[16] 井元清哉 (2008) 生命システムネットワークを明らかにするための統計的モデリング，(統計学会75周年記念出版，「21世紀の統計科学II 自然・生物・健康の統計科学」小西貞則，国友直人 (編))，東京大学出版会，153-180.
[17] 井元清哉 (2008) バイオインフォマティクスと統計科学，日本統計学会会報 (シリーズ：統計学の現状と今後)，134, 12-13.
[18] 井元清哉, 山口類 (2010) バイオインフォマティクスの基礎事項I, 医学統計学の事典, 朝倉書店
[19] 山口類, 井元清哉 (2010) バイオインフォマティクスの基礎事項II, 医学統計学の事典, 朝倉書店
[20] 井元清哉 (2010) 生命システムとモデル化, 科学１２月号, 岩波書店, 1191.